Σε μια κατσαρόλα με λίγο λάδι, σοτάρουμε στην αρχή όλα τα κρεμμύδια, να μαραθούν και κατόπιν προσθέτουμε το σπανάκι, τα μυρωδικά, αλάτι και πιπέρι. Συνεχίζουμε το ζεμάτισμα, μέχρι να πέσει ο όγκος του σπανακιού και να εξατμιστούν τα περισσότερα υγρά.

Αφήνουμε στην άκρη να κρυώσει λίγο και ξεκινάμε να φτιάχνουμε την μπεσαμέλ για την γέμιση. Σε μια κατσαρόλα λιώνουμε το βούτυρο. Εν συνεχεία, προσθέτουμε το αλεύρι μια μια κουταλιά, ανακατεύοντας συνέχεια. Όταν φτάσει σε σημείο να είναι σαν τρίμματα το λεγόμενο ρου "roux", αφήνουμε λίγο να ψηθεί, ανακατεύοντας συνέχεια για 2-3' για να μη μυρίζει αλευρίλας.

Έχουμε ζεστάνει λίγο το γάλα και το προσθέτουμε στην αρχή λίγο λίγο, ανακατεύοντας συνέχεια και εν συνεχεία το υπόλοιπο γάλα σε μεγαλύτερες δόσεις. Το βασικό είναι να ανακατεύουμε συνέχεια για να μη σβολιάσει.
Εκτός φωτιάς προσθέτουμε ένα ένα τα αυγά, ανακατεύοντας κάθε φορά για να μη μας καεί το αυγό. Τοποθετούμε ξανά στην φωτιά, προσθέτουμε το μοσχοκάρυδο, αλάτι, πιπέρι και τέλος το τυρί, ανακατεύουμε να ενσωματωθούν τα υλικά.

Όταν ετοιμαστεί η μπεσαμέλ, την προσθέτουμε στην κατσαρόλα με το σπανάκι, κρατώντας 5-6 μεγάλες κουταλιές από την μπεσαμέλ. Προσθέτουμε στην κατσαρόλα και τα τυριά, ανακατεύοντας καλά όλα τα υλικά, για να έχουμε μια κρεμώδη γέμιση.

Σε ένα μακρόστενο πυρέξ ή κεραμικό ταψί, αδειάζουμε την μπεσαμέλ που είχαμε κρατήσει και την απλώνουμε σε όλο τον πάτο του πυρέξ.

Αρχίζουμε να γεμίζουμε τα κανελόνια με το μίγμα, χρησιμοποιώντας μια σακούλα για σαντιγύ ή με ένα κουτάλι και λίγη υπομονή. Αραδιάζουμε τα γεμιστά κανελόνια στο ταψί επάνω στην μπεσαμέλ.

Προθερμαίνουμε τον φούρνο στους 180 βαθμούς. Σε ένα μπολ, προσθέτουμε τα αυγά, την κρέμα γάλακτος, αλάτι, πιπέρι και χτυπάμε με ένα σύρμα να ομογεννοποιηθούν τα υλικά. Το μίγμα αυτό το αδειάζουμε πάνω από τα κενελόνια, να πάει παντού. Πασπαλίζουμε με την γραβιέρα. Σκορπάμε από πάνω και τα κομματάκια βουτύρου. Αφήνουμε για 5' στην άκρη, να μουλιάσουν λίγο τα κανελόνια.

Ψήνουμε για 45-50', μέχρι να ροδίσει και να έχει σχηματιστεί μια τραγανή κρούστα από πάνω.
Αφήνουμε για 10' να κρυώσουν και να σφίξουν λίγο, για να μπορέσουμε να σερβίρουμε.