Ψιλοκόβουμε τα κρεμμύδια σε κυβάκια και τις πιπεριές σε λωρίδες. Έπειτα ρίχνουμε λάδι στην κατσαρόλα και τσιγαρίζουμε τα μπούτια κοτόπουλο. Όταν αρχίζουν και παίρνουν χρώμα προσθέτουμε τα κρεμμύδια και τις πιπεριές και τα ανακατεύουμε. Στην συνέχεια ρίχνουμε τα πιπέρια και 2-3 πρέζες αλάτι. Τέλος ρίχνουμε και τον πελτέ ντομάτας ή τις φρέσκιες ντομάτες. Ανακατεύουμε και το αφήνουμε να βράσει προσθέτοντας 60ml λευκό ή κόκκινο κρασί και ένα ποτήρι νερό.

Σε μια κατσαρόλα ρίχνουμε περίπου 2-3 lt νερό. Όταν αρχίζει και βράζει ρίχνουμε τα μακαρόνια και ανακατεύουμε προσθέτοντας 2 πρέζες αλάτι. Τα βγάζουμε μετά από 6-7 λεπτά ώστε να είναι αλτέντε.

Αφού ολοκληρωθούν οι προηγούμενες ενέργειες, μαδάμε το κοτόπουλο και σ' ένα μπολ ρίχνουμε τα μακαρόνια μαζί με το κοτόπουλο. Ρίχνουμε 5-6 κουταλιές της σούπας από την κόκκινη σάλτσα στο μπολ και προσθέτουμε την μαγιονέζα. Αφού τα ανακατέψουμε, τα απλώνουμε στο ταψί. Προσθέτουμε και την υπόλοιπη κόκκινη σάλτσα και στο τέλος προσθέτουμε το τριμμένο μας κίτρινο τυρί. Τέλος το φουρνίζουμε σε προθερμασμένο φόυρνο στους 200 βαθμούς μέχρι να λιώσει τελείως το τυρί, δηλαδή περίπου για 15-20 λεπτά.