Ετοιμάζουμε την κρέμα. Κρατάμε λίγο από το γάλα και βάζουμε το υπόλοιπο να βράσει. Προσθέτουμε τη ζάχαρη και τις βανίλιες. Διαλύουμε το ρυζάλευρο και το νισεστέ στο γάλα που κρατήσαμε και προσθέτουμε ανακατεύοντας στο γάλα που βράζει. Όταν αρχίζει να δένει η κρέμα την αποσύρουμε από το μάτι.

Βουτυρώνουμε το ταψι μας με ενα πινέλο και αρχιζουμε να στρώνουμε το πρώτο πακέτο με τα φύλλα βουτυρώνοντας ένα ένα τα φύλλα. Αφού τελειώσουν ρίχνουμε την κρέμα στο ταψί και συνεχίζουμε με τα φύλλα του δεύτερου πακέτου βουτυρώνοντας πάλι ένα ένα. Ψήνουμε στους 180 στις αντιστάσεις μέχρι να ροδίσουν τα φύλλα.

Ετοιμάζουμε το σιρόπι και αφήνουμε στο τέλος το χυμό του λεμονιού. Περίπου 5 λεπτά αφού αρχίσει να κοχλάζει το σβήνουμε και αφήνουμε να κρυώσει.

Ρίχνουμε το κρύο σιρόπι λίγο λίγο στο ζεστό γαλακτομπούρεκο να πάει παντού και αφήνουμε να ποτίσει.