Πλένουμε τα κολοκυθάκια και τις πιπεριές και τα αφήνουμε να στραγγίξουν. Κόβουμε τα κολοκυθάκια στη μέση, βγάζουμε την ψίχα και την αφήνουμε στην άκρη. Κόβουμε τις πιπεριές από το επάνω μέρος, βγάζουμε τα σπόρια και κρατάμε το καπέλο. Σκουπίζουμε τα μανιτάρια ή τα ξεφλουδίζουμε και τα κόβουμε σε μικρές φέτες.

Πλένουμε το ρύζι και το βάζουμε σε ένα μπολ μαζί με τα μανιτάρια. Καθαρίζουμε τα κρεμμύδια και το σκόρδο και τα τρίβουμε. Πλένουμε τις ντομάτες και τις τρίβουμε στον τρίφτη. Βάζουμε το μισό ελαιόλαδο σε βαθύ τηγάνι κι αφήνουμε να κάψει. Προσθέτουμε τις πάπρικες, το πιπέρι, το κρεμμύδι, το σκόρδο και ανακατεύουμε για λίγα λεπτά.

Προσθέτουμε τα μανιτάρια με το ρύζι και τα σοτάρουμε ελαφρώς. Βάζουμε τον ντοματοπολτό, ανακατεύουμε και σβήνουμε με το κόκκινο κρασί. Αφήνουμε για λίγο να εξατμισθεί, προσθέτουμε λίγο νεράκι κι αφήνουμε να βράσουν για περίπου 10 λεπτά. Αλατίζουμε, προσθέτουμε όλα τα μυρωδικά, ανακατεύουμε και κατεβάζουμε από την φωτιά.

Αλατίζουμε τα κολοκυθάκια και τις πιπεριές στο εσωτερικό τους και ξεκινάμε να τα γεμίζουμε. Αφού τα γεμίσουμε, τα τοποθετούμε σε φαρδιά κατσαρόλα όρθια. Προσθέτουμε την ψίχα από τα κολοκυθάκια που κρατήσαμε και το υπόλοιπο ελαιόλαδο. Βάζουμε την κατσαρόλα σε δυνατή φωτιά, προσθέτουμε τις τριμμένες ντομάτες, ζεστό νερό (1 ποτήρι του νερού και λίγο ακόμη) κι αφήνουμε να πάρουν μια βράσ

Χαμηλώνουμε την φωτιά, σκεπάζουμε με το καπάκι κι αφήνουμε να βράσουν. Ανά διαστήματα προσέχουμε μήπως χρειάζεται κι άλλο νερό. Προς το τέλος αφαιρούμε το καπάκι και συνεχίζουμε το βράσιμο (θέλουμε το φαγητό μας να μείνει με την σάλτσα του, ενώ προσθέτουμε αλάτι και πιπέρι αν χρειαστεί). Αποσύρουμε την κατσαρόλα από την φωτιά κι είναι έτοιμο να το απολαύσουμε.