Lavamos bien las berenjenas y las secamos con papel de cocina, las cortamos por la mitad a lo largo y pasamos el cuchillo haciendo unos cortes en el interior, le ponemos un poco de sal y aceite de oliva por encima, lo colocamos en una fuente con papel de horno, poniendo la parte blanca hacia a bajo y lo cocinamos unos 25 minutos a 170°.
Mientras hacemos el relleno. Empezamos poniendo en una sartén 4 cucharadas de aceite y añadimos las cebollas, el pimiento y los ajos cortados en trozos, ponemos un poquito de sal por encima, Cuando la cebolla empiece a dorarse y a ablandarse, echaremos la pulpa de las berenjenas y las dejamos sofreír con el resto durante 5 minutos, removiendo bien de vez en cuando.

Mientras tanto vamos a escurrir las latas de atún, quitándoles el agua y apartando el atún, que añadiremos a la sartén junto al resto de ingredientes, lo dejaremos unos minutos que se vaya haciendo junto al sofrito, por último, agregamos el tomate frito y dejamos a fuego lento que se vaya reduciendo durante 10 minutos.

Cuando tengamos todo listo, vamos a comenzar a rellenarar las berenjenas. Cogemos las pieles, que dejamos ya preparadas sin apenas pulpa, la justa para darle consistencia a las mismas, y las vamos a ir poniendo el relleno que tenemos en la sartén. Iremos colocando las berenjenas ya rellenas, cubriendo la parte superior con abundante queso rallado y las colocamos en la fuente.
Ponemos a precalentar el horno a 180º, metemos las berenjenas entre 20 a 25 minutos, y cuando pase este tiempo ya estarán doradas.