Πλένουμε καλά τα κολοκύθια και τα κόβουμε οριζόντια στη μέση. Αδειάζουμε το εσωτερικό τους, το βάζουμε σε ένα μπολ και αφήνουμε στην άκρη. Τοποθετούμε τα άδεια κολοκύθια σε ταψί με αντικολλητικό χαρτί και ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο στους 200 βαθμούς για 15 λεπτά. Αφαιρούμε από το φούρνο

Σε ένα βαθύ αντικολλητικό τηγάνι σοτάρουμε το κοτόπουλο, προσθέτοντας λίγο αλάτι και ρίγανη σε υψηλή φωτιά μέχρι να αποκτήσει ωραιο χρώμα. Αφαιρούμε το κοτόπουλο με τρυπητή κουτάλια και αφήνουμε στην άκρη.

Στο ίδιο τηγάνι προσθέτουμε το κρεμμύδι, το εσωτερικό από τα κολοκύθια που έχουμε φυλάξει και σοταρουμε ώσπου να μαλακώσουν και να γυαλίσουν τα λαχανικά. Ρίχνουμε το τσίλι, το κύμινο, τη ρίγανη, την πάπρικα, το αλάτι και ανακατεύουμε για λίγα λεπτά. Προσθέτουμε τον πελτέ και το χυμό ντομάτας και σιγοβράζουμε για 5-10 λεπτά ακόμα μέχρι να μειωθούν τα υγρά. Ρίχνουμε το ψημένο κοτόπουλο και ανακατεύουμε.

Γεμίζουμε τα κελύφη από τα κολοκύθια με το μείγμα, ρίχνουμε λίγο τυρί από πάνω και ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο στους 180 βαθμούς για περίπου 10 λεπτά ή όση ώρα χρειαστεί για να λιώσει το τυρί.