Βάζουμε το ελαιόλαδο σε βαθύ τηγάνι και μόλις ζεσταθεί ρίχνουμε τα κρεμμύδια. Σοτάρουμε για 1-2 λεπτά και κατεβάζουμε την θερμοκρασία στο 1. Αφήνουμε να σιγοσωταριστούν σκεπασμένα για να βγάλουν τα σάκχαρα τους. Όταν ανοίγουμε το καπάκι αφήνουμε τους υγροποιημένους ατμους να πέφτουν μέσα στο τηγάνι. Μόλις αρχίζουν και παίρνουν χρώμα προς το καραμελέ, βάζουμε στο τηγάνι τις σταφίδες, ανακατεύουμε και σκεπάζουμε.

Στην συνέχεια βάζουμε τις ελιές και συνεχίζουμε την ίδια διαδικασία. Σβήνουμε τα κρεμμύδια με το μπαλσάμικο, αφήνουμε να εξατμιστεί λίγο και ρίχνουμε τα ντοματίνια. Σοτάρουμε και τα πατάμε με την σπάτουλα. Μόλις βγουν τα ζουμιά από τα ντοματίνια βάζουμε τον ζωμό, την ρίγανη, πιπέρι και αλάτι κατά βούληση.

Καθαρίζουμε τις πατάτες, τις κόβουμε λεπτές ροδέλες και τις στρώνουμε σε ταψάκι ή πυρέξ. Από πάνω βάζουμε τα φιλέτα του μπακαλιάρου και στο τέλος ρίχνουμε το περιεχόμενο του τηγανιού με τα κρεμμύδια. Θέλουμε να καλυφθούν καλά τα φιλέτα και όλη η επιφάνεια από το σκεύος. Ψήνουμε για 45 λεπτά στους 180 βαθμούς.