Σε ένα μεγάλο μπολ βάζετε το κρασί, το μισό λάδι, τη δάφνη, τα γαρύφαλλα, την κανέλα και το μπαχάρι. Αλατοπιπερώνετε το κουνέλι και το αφήνετε στη μαρινάδα για ένα βράδυ.

Το πρωί το στραγγίζετε σε ένα τρυπητό και κρατάτε τη μαρινάδα. Σε μια κατσαρόλα βάζετε το υπόλοιπο λάδι, τα κρεμμύδια και το σκόρδο να τσιγαριστούν ελαφρά. Βάζετε το κρέας να σωταριστεί και αυτό. Σβήνετε με την μαρινάδα του. Προσθέστε την ντομάτα και 2 φλιτζάνια νερό και το αφήνετε να ψηθεί, μέχρι να είναι σχεδόν έτοιμο.

Προθερμαίνετε το φούρνο στους 200 βαθμούς. Αδειάστε το κουνέλι σε ένα ταψί και προσθέστε ζεστό νερό, αν χρειάζεται. Ρίξτε το κριθαράκι, ανακατέψτε το λιγάκι και βάλτε το στο φούρνο. Χαμηλώνετε το φούρνο στους 180 βαθμούς μετά από 15 λεπτά και αφήνετε να σιγοψηθεί το φαγητό.

Όταν ψηθεί, βγάλτε το από το φούρνο, πασπαλίστε με το τυρί, αφήστε 5 λεπτά να σταθεί και σερβίρετε.