Κόβουμε τα κρεμμύδια στη μέση και μετά φέτες στην κατσαρόλα. (πρεπει να κοπούν στο χέρι οχι στο μουλτι). Με ενα ποτήρι νερό τα αφήνουμε να βράσουν μεχρι να πιούν και τα υγρά τους.Οταν στεγνώσουν ρίχνουμε το λάδι και αρχίζουμε να τα τηγανίζουμε.

Χαμηλώνουμε λίγο τη φωτιά για να μην μας καούν αλλα να τηγανιστούν (εδω μας θελει συνέχεια από πάνω). Τηγανίζουμε το κρεμμύδι πολύ καλά να πάρει χρώμα καφετί, σαν μέλι. Θα γίνει σχεδόν σαν αλοιφή και θα μείνει περίπου το εν τέταρτο απο το αρχικό κρεμμύδι.

Οταν είναι έτοιμο προσθέτουμε το κουκουνάρι και τηγανίζουμε λίγο να βγάλει τα αρώματά του.

Προσθέτουμε κανέλα, γαρύφαλλο, σταφίδες και ρύζι. Τηγανίζουμε ακόμα για ενα λεπτό. Προσθέτουμε το μισό από το εσωτερικό από τις ντομάτες, αλάτι, πιπέρι. Αφήνουμε να πάρει μιά βράση (οχι να στεγνώσει).

Γεμίζουμε τις ντομάτες και τις πιπεριές, σκεπάζουμε με τα καπάκια τους. Τα τοποθετούμε σε ταψί τέτοιο μέγεθος ωστε να μην εχουν κενά μεταξύ τους. Βάζουμε ενα ποτήρι νερό στο ταψί. Ραντίζουμε με λίγο λάδι από πάνω τους ντολμάδες. και τέλος αλατίζουμε ελαφρά.

Στην αρχή σκεπάζουμε με λαδόκολα (ανάλαφρα οχι αεροστεγώς) και ψήνουμε στους 180-200 βαθμούς. Μετά τα μισά του ψησίματος περίπου σε μισή ωρα δηλαδή, βγάζουμε τη λαδόκολλα. Τελειώνει το ψήσιμο οταν εχει πιεί το νερό του και εχουν πάρει χρώμα τα γεμιστά. Σύνολο ψησίματος μία με μιάμιση ωρα, ανάλογα τον φούρνο.