Ψιλοκόβουμε το κρεμμύδι και τις πιπεριές και τα τσιγαρίζουμε μέχρι να μαλακώσουν. Ρίχνουμε λίγο αλάτι.

Προσθέτουμε το κρέας και αφού μαλακώσει ρίχουμε τον πελτέ και ανακατέβουμε να πάει παντού. Το αφήνουμε να κρυώσει λίγο, μέχρι να φτιάξουμε τη μπεσαμέλ.

Για τη μπεσαμέλ έχουμε έτοιμο το τριμμένο τυρί. Βάζουμε σε μια κατσαρόλα το γάλα μαζί με το αλεύρι και ανακατεύουμε συνεχόμενα με το σύρμα. Ρίχνουμε αλατάκι και μοσχοκάρυδο. Χαμηλώνουμε λίγο τη φωτιά και μόλις αρχίσει να πήζει το κατεβάζουμε. Ρίχνουμε το βούτυρο και τα τυριά και ανακατεύουμε να λιώσουν όλα.

Λαδώνουμε ένα ταψί ή πυρέξ. Απλώνουμε το ένα φύλλο και ρίχνουμε το μείγμα με το κρέας να πάει παντού ομοιόμορφα. Από πάνω βάζουμε τη μπεσαμέλ. Βάζουμε και το 2ο φύλλο σφολιάτας και λαδώνουμε. Χαράζουμε και ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο για 1 ώρα περίπου στους 180.