Βάζουμε τον κομμένο κόκορα σε ξύλο κοπής και ρίχνουμε αλάτι, πιπέρι, 1 κ.σ. ελαιόλαδο και φροντίζουμε να καλύψει όλη την επιφάνεια του.
• Βάζουμε μία κατσαρόλα σε δυνατή φωτιά, προσθέτουμε το βούτυρο και περιμένουμε να μέχρι να λιώσει.
• Βάζουμε τον κόκορα, με την πέτσα προς τα κάτω και σοτάρουμε 5-6 λεπτά να πάρει χρώμα. Τα γυρίζουμε από την άλλη πλευρά και σοτάρουμε για 5-6 λεπτά μέχρι να πάρει χρώμα και από τις δύο πλευρές.
• Αφαιρούμε τον κόκορα από την κατσαρόλα και αφήνουμε στην άκρη

Κόβουμε τα κρεμμύδια σε λεπτές φέτες 0,5 εκ. και τα βάζουμε στην κατσαρόλα.
• Κόβουμε τα καρότα στη μέση και στη συνέχεια σε μικρά μισοφέγγαρα 1εκ., τα βάζουμε στην κατσαρόλα και ανακατεύουμε με μία ξύλινη κουτάλα.
• Στη συνέχεια, κόβουμε τα σκόρδα σε λεπτές φέτες και τα βάζουμε στην κατσαρόλα. Προσθέτουμε το θυμάρι, τα φύλλα δάφνης, το αλεύρι και ανακατεύουμε με μία ξύλινη κουτάλα. (Το θυμάρι αντέχει στις υψηλές θερμοκρασίες και δίνει γεύση)
•

Σβήνουμε με το κονιάκ, προσθέτουμε το κρασί, χαμηλώνουμε τη φωτιά και ανακατεύουμε μέχρι να εξατμιστεί το αλκοόλ.
• Προσθέτουμε τον ζωμό, την τομάτα, τον κόκορα τα ανακατεύουμε και χωρίς να κλείσουμε το καπάκι της κατσαρόλας, σιγοβράζουμε για 45 λεπτά.
• Βάζουμε ένα τηγάνι σε δυνατή φωτιά να κάψει.
• Κόβουμε το μπέικον σε κυβάκια του 1 εκ. και τα βάζουμε στο τηγάνι.
• Κόβουμε τα μανιτάρια στη μέση αν είναι μικρά ή στα 4 αν είναι μεγάλα και μόλις πάρει χρώμα το μπέικον τα βάζουμε στο τηγάνι

Και τα σοτάρουμε για 3-4 λεπτά. Επειδή το μπέικον έχει αλάτι προσθέτουμε μόνο πιπέρι.
• Στη συνέχεια βάζουμε το μπέικον με τα μανιτάρια στην κατσαρόλα και συνεχίζουμε το βράσιμο για 15-20 λεπτά με ανοιχτό καπάκι.
• Όταν είναι έτοιμο, κλείνουμε τη φωτιά, κλείνουμε το καπάκι και το αφήνουμε να ξεκουραστεί για 15 λεπτά.

Σε μία κατσαρόλα με νερό που βράζει, προσθέτουμε αλάτι, τις πένες και βράζουμε για 12 λεπτά. Σουρώνουμε χωρίς να ξεπλύνουμε με κρύο νερό, βάζουμε 1-2 κ.σ. ελαιόλαδο και τα ανακατεύουμε.

Σερβίρουμε με ψιλοκομμένο μαϊντανό και πιπέρι.