Giling ikan tenggiri hingga halus kemudian ditambahkan dengan lada bubuk, bawang putih, garam, dan kaldu jamur. Aduk hingga merata.

Tambahkan air sedikit demi sedikit ke dalam adonan sambil diaduk hingga adonan tercampur rata.

Masukkan tepung tapioka sedikit demi sedikit sambil diuleni hingga kalis. Lalu diamkan sebentar kurang lebih 5 menit.

Timbang adonan masing-masing kurang lebih 80 gram. Bentuk adonan pempek dan isi adonan dengan telur lalu tutup adonan hingga rapat agar telur tidak keluar.

Panaskan air, setelah mendidih rebus adonan hingga matang kurang lebih 30 menit.

Panaskan minyak goreng secukupnya. Gongseng ebi hingga matang kemudian tumbuk halus.

Masukkan 500 mL air dan gula merah ke dalam panci lalu masak hingga larut. Tambahkan air asam jawa, cabai rawit merah, 25 gram bawang putih halus, garam, dan gula pasir lalu masak kembali hingga mendidih sambil sesekali diaduk.

Setelah mendidih, angkat saus cuka kemudian saring. Tambahkan ebi halus ke dalam saus cuka yang telah disaring.

Pempek kapal selam siap untuk disajikan dengan saus cuka, mie, dan timun.