寝かせる間に水分が出てくるので、容器(袋もOK)に入れて冷蔵庫に入れたほうが良いです。味噌によりますが、３日間程度なら薄味です。
しっかり味噌の味をしみこませたい場合は４日間以上寝かせるのをお勧めします。