Βάζουμε την κολοκύθα σε μία πετσέτα, της ρίχνουμε λίγο αλάτι, την στραγγίζουμε πολύ καλά και την αφήνουμε στην άκρη. Παράλληλα, τοποθετούμε ένα μεγάλο τηγάνι σε μέτρια φωτιά και το αφήνουμε να κάψει. Μόλις κάψει, ρίχνουμε λίγο ελαιόλαδο, το κρεμμύδι, το πράσο και τα σοτάρουμε μέχρι να καραμελώσουν. Μόλις είναι έτοιμα, τα αδειάζουμε σε ένα μεγάλο μπολ και τα αφήνουμε να κρυώσουν ελαφρώς.

Έπειτα, ρίχνουμε στο ίδιο μπολ την τριμμένη κολοκύθα, τη φέτα, τον τραχανά, την κανέλα, το γαρύφαλλο, τον άνηθο, τα αυγά, το δυόσμο, αλατοπιπερώνουμε, ανακατεύουμε με ένα κουτάλι και το αφήνουμε στην άκρη.Στη συνέχεια, λαδώνουμε ένα ορθογώνιο ταψί διαστάσεων 35Χ25εκ. και απλώνουμε στην πάνω πλευρά του ταψιού ένα λαδωμένο φύλλο, έτσι ώστε να προεξέχει το μισό εκτός του ταψιού.

Αμέσως μετά, απλώνουμε στην κάτω πλευρά του ταψιού ένα λαδωμένο φύλλο ακόμα, έτσι ώστε να προεξέχει το μισό εκτός του ταψιού. Ακολουθούμε την ίδια διαδικασία για άλλα 2 φύλλα, ένα για την αριστερή πλευρά και ένα για τη δεξιά. Ύστερα, απλώνουμε δύο λαδωμένα φύλλα στον πάτο του ταψιού και αδειάζουμε τη μισή από τη γέμιση ώστε να πάει παντού.

Έπειτα, απλώνουμε άλλο δύο λαδωμένα φύλλα ζύμης πάνω από την πίτα,αδειάζουμε την υπόλοιπη γέμιση ομοιόμορφα και μαζεύουμε προς τα μέσα τα περισσεύματα από τα φύλλα, τα οποία και λαδώνουμε πολύ καλά. Τέλος, απλώνουμε πάνω από την πίτα άλλα 2 λαδωμένα φύλλα, ραντίζουμε με λίγο νερό και χαράσσουμε την πίτα σε τετράγωνα με ένα ίσιο μαχαίρι.

Ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο στους 190°C στις αντιστάσεις πάνω-κάτω για 1 ώρα. Μόλις είναι έτοιμη, αφήνουμε τη κολοκυθόπιτα να κρυώσει για 10 λεπτά, την κόβουμε σε κομμάτια και σερβίρουμε.