Κόβουμε το κρεμμύδι σε φέτες και τις πιπεριές σε μπαστουνάκια, περίπου όσο είναι το μέγεθος των ζυμαρικών. Στο μεταξύ σε αλατισμένο νερό ξεκινάμε να βράζουμε τις πέννες για 3-4 λεπτά λιγότερο από το χρόνο που αναγράφεται στη συσκευασία.

Σε φαρδύ τηγάνι ζεσταίνουμε το ελαιόλαδο και σωτάρουμε το κρεμμύδι για 2-3 λεπτά. Προσθέτουμε το σκόρδο, τις πιπεριές, τη ρίγανη, το θυμάρι, την πάπρικα, αλατοπιπερώνουμε και σωτάρουμε για άλλα 2-3 λεπτά. Ρίχνουμε 1/2 περίπου φλιτζάνι νερό από τα μακαρόνια που βράζουν και αφήνουμε να μαγειρευτει για 10 λεπτά περίπου σε μέτρια ένταση.

Σουρώνουμε τα ζυμαρικά και τα ρίχνουμε στο τηγάνι με τις πιπεριές. Αν χρειαστεί προσθέτουμε ελάχιστο βραστό νερό. Προσθέτουμε τη μαργαρίνη, αφήνουμε για 3-4 λεπτά και σβήνουμε την εστία. Πασπαλίζουμε με ρίγανη και πιπέρι. Σερβίρουμε όσο είναι ζεστό το φαγητό.