Βράζουμε τα ζυμαρικά σε αλατισμένο νερό, όσην ώρα αναγράφεται στο πακέτο.

Σωτάρουμε το κρεμμύδι και το μπέικον για 1-2 λεπτά. Προσθέτουμε τη πιπεριά και τα μανιτάρια, χαμηλώνουμε τη θερμοκρασία και αφήνουμε άλλα 2-3 λεπτά να πιούν λίγο τα υγρά τους. Προσθέτουμε τη ντομάτα, τα καρυκεύματα/μυρωδικά και αφήνουμε περίπου 10 λεπτά να γίνει μια δεμένη, πηκτή σάλτσα.

Βάζουμε το βούτυρο να λιώσει σε μια κατσαρόλα και προσθέτουμε το αλεύρι ανακατεύοντας καλά. Ρίχνουμε προσεκτικά (γιατί «πετάει» στην αρχή) λίγο-λίγο το γάλα και ανακατεύουμε μέχρι να αρχίσει να βράζει και να πήζει, τέλος βάζουμε το αλατοπίπερο και το μοσχοκάρυδο. Το κατεβάζουμε από τη φωτιά, ρίχνουμε το τυρί τριμμένο μέσα και ανακατεύουμε.

Βάζουμε σε ένα βουτυρωμένο πυρέξ τα μισά ζυμαρικά, λίγο τυρί τριμμένο, τη σάλτσα, ξανά λίγο τυρί τριμμένο, τα υπόλοιπα ζυμαρικά και τέλος τη μπεσαμέλ.

Ψήνουμε στους 190 βαθμούς (σε προθερμασμένο φούρνο) για περίπου 1 ώρα.