Πλένουμε καλά τα νεράτζια. Κόβουμε στην πάνω μεριά ενα καπάκι και αφαιρούμε το εσωτερικό, προσέχοντας να μη σπάσουμε τη νερατζόκουπα. Βάζουμε τις κούπες σε κατσαρόλα με νερό να τις σκεπάζει και βράζουμε για 10 λεπτά μετρώντας το χρόνο από την στιγμή του βρασμού. Επαναλαμβάνουμε τη διαδικασία άλλες δυο φορές.

Αφήνουμε τα νεράτζια σε μια λεκάνη με κρύο νερό 6-7 ώρες, αλλάζοντας το νερό ανά διαστήματα.

Στη συνέχεια ρίχνουμε σε κατσαρόλα το νερό με τη ζάχαρη και τις νερατζόκουπες. Βράζουμε σε μέτρια φωτιά για μισή ώρα. Αφήνουμε όλη νύχτα στο σιρόπι. Την επόμενη ζαναβράζουμε τις νερατζόκουπες για 15 - 20 λεπτά ή μέχρι να δέσει το σιρόπι.

Βγάζουμε τις νερατζόκουπες από το σιρόπι και τις αφήνουμε να στραγγίσουν, με το άνοιγμα προς τα κάτω, πάνω σε σίτα ή σχάρα.

Για το μαλεμπί: Από το λίτρο το νερό παίρνουμε 1 φλιτζάνι και βράζουμε σε αυτό τα γαρύφαλλα για 5 λεπτά. Σε μπολ ρίχνουμε το υπόλοιπο νερό, τη ζάχαρη, το νερό από τα γαρύφαλλα (σουρωμένο) και ανακατεύουμε να λιώσει η ζάχαρη. Προσθέτουμε τους χυμούς και τα ξύσματα. Ρίχνουμε και το νισεστέ και ανακατεύουμε να διαλυθεί.

Σε μια κατσαρόλα ρίχνουμε τη μαργαρίνη ή το λάδι και καβουρντίζουμε τα αμύγδαλα. Ανακατεύουμε συνέχεια μη μας καούν. Ρίχνουμε το υγρό μείγμα στην κατσαρόλα και ανακατεύουμε σε σιγανή φωτιά μέχρι να πήξει.

Σε ενα μεγάλο δίσκο τοποθετούμε τις νερατζόκουπες και τις γεμίζουμε με την κρέμα. Τοποθετούμε στο ψυγείο να πήξει και να σταθεροποιηθεί.

Αν μας περισσέψει κρέμα, καλύπουμε το εσωτερικό ενός μπολ με μεμβράνη και ρίχνουμε μέσα την κρέμα. Καλύπτουμε την επιφάνεια με μεβράνη και βάζουμε στο ψυγείο. Ξεφορμάρουμε σε πιάτο πολύ εύκολα.