出汁を使うと美味しくなると思いますが
保存を考えるなら水の方が日持ちすると思います。
味噌の酵素を生かす為には加熱しない方がいいと思います。
味噌はいつもお味噌汁に使ってる信州産（無添加、大豆と米）を使用しましたが
何でもいいと思います。