Asar en una sartén con un chorrito de aceite de oliva los calabacines y las berenjenas.

Al mismo tiempo, en otra sartén ir preparando el sofrito para el relleno, es decir, añadimos un chorrito de aceite de oliva y cuando esté caliente, incorporamos los ajos, la cebolla y la zanahoria. Cuando todo ello esté pochado (blandito) añadimos la carne picada y cuando está comience a cambiar de color, pero antes de que esté completamente cocinada, añadimos los tomates, sal, pimienta y las especias y dejamos que todo se cocine a fuego medio moviendo de vez en cuando.

Cuando lo tengamos todo listo, comenzamos a montar nuestra moussaka con el mismo sistema que de una lasaña se tratara. Es decir, ponemos una base de calabacín asado, un poco de relleno, otra etapa de berenjena asada, de nuevo un poco de relleno. Así, hasta completar la bandeja. Hay que tener siempre en cuenta que se debe terminar con una banda sea de calabacín o de berenjena.