Πρώτα βράζουμε τα μακαρόνια σύμφωνα με τις οδηγίες της συσκευασίας. Παράλληλα φτιάχνουμε την μπεσαμέλ βάζοντας σε κατσαρόλα αλεύρι και λάδι και αφού κοκκινίσει ρίχνουμε το γάλα,το αλάτι και το μοσχοκάρυδο. Αφού δέσει η κρέμα προσθέτουμε τα τυριά και ανακατεύουμε.

Ρίχνουμε τη μπεσαμέλ στα στραγγισμένα μακαρόνια και αφήνουμε στην άκρη.

Σε μεγάλο πυρέξ ρίχνουμε τη σάλτσα ντομάτας να καλυφθεί ο πάτος, από πάνω τα μισά μακαρόνια, προσθέτουμε φέτες ντομάτας, τη μισή μοτσαρέλα και το πέστο. Συνεχίζουμε με τα υπόλοιπα μακαρόνια, τις ντομάτες και τη μοτσαρέλα.

Ψήνουμε στους 200 βαθμούς για 35 λεπτά