Πλένουμε καλά τα κότσια και καθαρίζουμε την πέτσα από τυχόν τρίχες.
Ταμπονάρουμε καλά το κρέας με χαρτί κουζίνας και το αλατίζουμε καλά. Το πανάρουμε σε αλεύρι και σε τηγάνι με λάδι που καίει καλά, σοτάρουμε να θωρακιστεί καλά το κρέας και να κάνει κρούστα από όλες τις πλευρές. Μεταφέρουμε σε γάστρα.

Στο ίδιο τηγάνι σωτάρουμε το κρεμμύδι κομμένο σε χοντρά κομμάτια και διαδοχικά προθέτουμε τις πιπεριές κομμένες σε χοντρές φέτες, τα καρότα κομμένα σε χοντρά μπαστούνια, τα μανιτάρια ολόκληρα ή στη μέση ή στα 4 ανάλογα το μέγεθος.

Σβήνουμε το κρασί και αφήνουμε να εξατμιστεί.

Προσθέτουμε την κανέλα, τα γαρύφαλλα την ντομάτα κομμένη σε κύβους και το πουμαρό. Αφήνουμε να πάρουν μια βράση.

Αδειάζουμε πάνω από τα κότσια στη γάστρα και βάζουμε τη γάστρα σε προθερμασμένο φούρνο στους 180 βαθμούς και αφήνουμε να ψηθεί σκεπασμένο. Κατα διαστήματα γυρνάμε τα κότσια.

Καθαρίζουμε τις πατάτες και τις κόβουμε στη μέση και κάθε μισό το χαράζουμε ως τη μέση. Αφού έχουν περάσει 3 ώρες που ψήνεται το κότσι, προσθέτουμε και τις πατάτες, λίγο επιπλέον αλάτι και το θυμάρι.

Σκεπάζουμε και ψήνουμε ως να γίνουν και οι πατάτες, αν χρειαστεί ψήνουμε και με ανοιχτό το καπάκι για να πάρει χρώμα το κότσι.