Καθαρίζουμε, πλένουμε τις τσιπούρες και αφήνουμε να στραγγίξουν πολύ καλά. Κόβουμε τα λαχανικά σε φέτες.

Λαδώνουμε ένα ταψί. Στρώνουμε τις πατάτες και τα κολοκυθάκια στη σειρά. Πασπαλίζουμε με λάδι, αλάτι, πιπέρι, ρίγανη. Συνεχίζουμε βάζοντας σε μία σειρά τα κρεμμύδια, τις ντομάτες, τις πιπεριές, το σκόρδο και τις μισές φέτες λεμονιού. Πασπαλίζουμε και αυτά με λάδι, αλάτι, πιπέρι, ρίγανη.

Λαδώνουμε καλά τις τσιπούρες με ελαιόλαδο. Πασπαλίζουμε την κοιλιά της κάθε τσιπούρας με λίγο αλάτι και πιπέρι, γεμίζουμε με 1/2 φέτα ντομάτας, 1 φέτα λεμόνι, 1 κλωνάρι θυμάρι, λίγο σκόρδο και λίγο κρεμμύδι (από αυτά που κρατήσαμε στην άκρη) και τις βάζουμε πάνω από τα λαχανικά. Ρίχνουμε το κρασί και το υπόλοιπο ελαιόλαδο. Βάζουμε πάνω από τα ψάρια τις υπόλοιπες φέτες λεμονιού, αλάτι, πιπέρι, ρίγανη και προαιρετικά φέτες ντομάτας.

Ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο στους 180° με αέρα για 40'-50' και άλλα 10' στους 230°. Σερβίρουμε το φαγητό όσο είναι ακόμα χλιαρό. Εγώ το συνοδεύω με μία σαλάτα από βραστά χόρτα και κρύα μπύρα (το καλοκαίρι) ή λευκό κρασί (το χειμώνα).