Προθερμαίνουμε το φούρνο στους 200°C, απλώνουμε τη λαδόκολλα και ρίχνουμε 2 κ.σ. λάδι στο ταψί.

Τεμαχίζουμε τις σκελίδες, τις απλώνουμε επάνω στη λαδόκολλα, προσθέτουμε αλάτι και πιπέρι και ανακατεύουμε ελαφρώς.

Τοποθετούμε το ταψί στον προθερμασμένο φούρνο για 15 περίπου λεπτά.

Χαράσσουμε με ένα μαχαιρι τις πλευρές των ψαριών, περιχύνουμε με λάδι και ρίχνουμε το θυμάρι και το χυμό ενός λεμονιού.

Τοποθετούμε τις τσιπούρες στο ταψί, τις καλύπτουμε με φέτες λεμονιού και περιτριγυρίζουμε με ροδέλες ντομάτας.

Προσθέτουμε στο ταψί το εναπομείναν ελαιόλαδο, το χυμό λεμονιού και το υπόλοιπο θυμάρι.

Κλείνουμε τη λαδόκολλα στο επάνω μέρος του ταψιού με δύο οδοντογλυφίδες και τοποθετούμε το ταψί στο φούρνο για 30- 35 λεπτά.

Σερβίρουμε με τις ψητές ροδέλες ντομάτας και το μείγμα ελαιόλαδου - θυμαριού αντί σάλτσας.