Σοταρουμε στο λάδι το κρεμμύδι. Προσθέτουμε το ρύζι και ανακατεύουμε. Ρίχνουμε το νερό. Αφήνουμε να πιει όλο το υγρό.

Προσθέτουμε όλα τα μυρωδικά, αλάτι και πιπέρι. Για ευκολία βάζουμε τη γέμιση σε σακούλα ζαχαροπλαστικής και γεμίζουμε τα κολοκυθάκια.

Τα αραδιαζουμε στο ταψί και ρίχνουμε το ζωμό λαχανικών. Με μαχαίρι κάνουμε χαρακιές στα κολοκυθάκια. Σκεπάζουμε το ταψί με αλουμινόχαρτο πολύ καλά. Προσέχουμε όταν μπει στο φούρνο να μην ακουμπά στα πλαϊνά και σχιστεί το αλουμινόχαρτο. Ψήνουμε στους 200 βαθμούς για 70'-80' περίπου.

Όταν ετοιμαστούν προσεχτικά αδειάζουμε το ζωμό από το ταψί που πρέπει να είναι δύο φλιτζάνια (αν όχι συμπληρώνουμε νερό) σε ένα μπολ. Σε κατσαρολακι βάζουμε το λάδι και το αλεύρι. Ανακατεύουμε και προσθέτουμε το ζωμό.

Ανακατεύουμε και προσθέτουμε το λεμόνι και τον μάραθο. Σερβίρουμε ζεστά.