Χοντροκόβουμε τις ντομάτες, το κρεμμύδι, τις πιπεριές και το σκόρδο. Ρίχνουμε τα λαχανικά σε μεγάλο πολυκόφτη ή blender και τα χτυπάμε μέχρι να γίνει μία παχύρρευστη σάλτσα που θα έχει ακόμα μικρά κομμάτια των λαχανικών.

Βάζω το μείγμα σε μία μεσαίου μεγέθους κατσαρόλα και προσθέτουμε το ξίδι. Βάζουμε την κατσαρόλα σε δυνατή φωτιά μέχρι να αρχίσει να βράζει.

Μόλις αρχίσει να βράζει χαμηλώνουμε την φωτιά σε μέτρια και μαγειρεύουμε για περίπου 35 λεπτά μέχρι να αρχίσει να δένει η σάλτσα, ανακατεύοντας ανά τακτά χρονικά διαστήματα ώστε να μην κολλήσει.

Σε ένα μικρό bowl ανακατεύουμε το μέλι με τη μουστάρδα.

Προσθέτουμε το μείγμα μελιού, αλάτι, πιπέρι, το φρέσκο βασιλικό και το μοσχοκάρυδο και συνεχίζουμε το βράσιμο για περίπου άλλα 10 λεπτά μέχρι να είναι έτοιμη.

Αν θέλουμε πιο λεία υφή στην σάλτσα μόλις βράσει ξαναρίχνουμε το μείγμα στο blender και χτυπάμε μέχρι να φτάσουμε στην υφή που θέλουμε.

Βράζουμε τα σπαγγέτι σε μπόλικο, αλατισμένο νερό σύμφωνα με τον χρόνο που αναγράφεται στην συσκευασία και σερβίρουμε με τριμμένη ξηρή μυζήθρα.