Για τα red velvet cupcakes, όλα τα υλικά πρέπει να είναι σε θερμοκρασία δωματίου. Προθερμαίνουμε τον φούρνο στον αέρα στους 160-170 βαθμούς C. Βάζουμε θήκες cupcakes μέσα σε ταψάκι μάφιν. Κοσκινίζουμε το αλεύρι. Στο μίξερ χτυπάμε σε μεσαία ταχύτητα το βούτυρο με τη ζάχαρη να αφρατέψουν για 5′.  Προσθέτουμε ένα ένα τα αυγά και χτυπάμε καλά.

Σε ένα μπολ ανακατεύουμε, το κόκκινο χρώμα ζαχαροπλαστικής, το κακάο και την υγρή βανίλια, τα ρίχνουμε στο μείγμα και συνεχίζουμε το χτύπημα. Διαλύουμε το αλάτι στο ξινόγαλα και ανακατεύουμε καλά να λιώσει το αλάτι. Εναλλάξ το ρίχνουμε στο μείγμα με το αλεύρι. Αναμείξτε καλά αλλά μην παραχτυπάτε το μείγμα.

Σε ένα άλλο μπολ ανακατεύουμε το ξύδι και τη σόδα. Προσθέτουμε και αυτά στο μείγμα και αναμιγνύουμε καλά. Με σπάτουλα καθαρίζουμε το μπολ μέχρι κάτω να σιγουρευτούμε ότι αναμείχθηκαν καλά τα υλικά. Βάζουμε 1/2 μπισκότα στη βάση της φόρμας. Ισομοιράζουμε στις θήκες, γεμίζοντας κατά τα 3/4. Ψήνουμε για 20′-25′.

Για την επικάλυψη: Για να φτιάξουμε την επικάλυψη χτυπάμε το τυρί, την βανίλια και το βούτυρο. Αφού χτυπηθούν λίγο ρίχνουμε και την ζάχαρη άχνη. Το μείγμα πρέπει να μπει στο ψυγείο. Βγάζουμε το ταψάκι με τα cupcakes και τα αφήνουμε να κρυώσουν τελείως. Στολίζουμε από πάνω με την κρέμα επικάλυψης και τριμμένο μπισκότο.