Για τη ζύμη :

Σε ένα μπολ μεσαίου μεγέθους ρίχνουμε το αλεύρι, τα φύλλα θυμάρι,το μπέικιν πάουντερ και το αλάτι

Προσθέτουμε το ελαιόλαδο, με ένα πιρούνι πολτοποιούμε τα υλικά και ζυμώνουμε με καθαρά χέρια

Προσθέτουμε το νερό, 1 κ.σ. τη φορά, και συνεχίζουμε να ζυμώνουμε μέχρι να έχουμε μια μπάλα, που στέκεται χωρίς να αποκολλώνται κομμάτια.

Τυλίγουμε τη ζύμη μας σε μεμβράνη και τη βάζουμε στο ψυγείο για 1 ώρα.

Έντωμεταξυ ετοιμάζουμε την γέμιση.

Σε ένα βαθύ τηγάνι ρίχνουμε το ελαιόλαδο και το κρεμμύδι και το τσιγαρίζουμε για 2-3 λεπτά σε μέτρια φωτιά.

Στη συνέχεια προσθέτουμε όλα τα λαχανικά και τα τσιγαρίζουμε και αυτά για 5 λεπτά περίπου

Ρίχνουμε τον τραχανα και ανακατεύουμε. Προσθέτουμε 1 ποτήρι ζεστό νερό και αφήνουμε να βράσουν λίγο τα υλικά. Ανακατεύουμε ανά διαστηματα.

Όταν έχουν απορροφηθεί τα υγρά προσθέτουμε την μπεσαμέλ την οποία έχουμε ήδη έτοιμη και ανακατεύουμε.

Αν δούμε ότι η γέμιση είναι πολύ σφιχτη προσθέτουμε λίγο γάλα. Ρίχνουμε το θυμάρι, το μοσχοκάρυδο και αλατοπιπερονουμε

Συνεχίζουμε το βράσιμο σε πολύ χαμηλή φωτιά μέχρι να μαλακώσει ο τραχανας. Στη συνέχεια αφαιρούμε από τη φωτιά και αφήνουμε να κρυώσει λίγο.

Βγάζουμε το ζυμαρι από το ψυγείο και το χωριζουμε σε δύο μπάλες. Η μία πιο μεγάλη από την άλλη.

Με τη βοήθεια του πλαστη ανοίγουμε 2 φύλλα με βάση το ταψί που θα χρησιμοποιήσουμε. Το ένα πιο φαρδύ από το άλλο όμως προσοχή να έχουν και τα δύο το ίδιο περίπου πάχος.

Βουτυρώνουμε το ταψί μας.

Περνουμε το πιο φαρδύ φύλλο και το στρωνουμε στο ταψί.

Ρίχνουμε την γέμιση και απλώνουμε από πάνω το δεύτερο φύλλο. Δενουμε τις άκρες από τα δύο φύλλα με σκοπό να μην μας ξεχυλησει η γέμιση στο ψήσιμο.

Χαραζουμε ελαφρά την επιφάνεια σε κομμάτια και κάνουμε τρυπούλες με ένα πιρούνι για να βγαίνουν οι υδρατμοι.

Τέλος... Ψήνουμε σε προθερμασμενο φούρνο στους 180 βαθμούς στις αντιστασεις στο κάτω κάτω ράφι μέχρι να ροδίσει η επιφάνεια. 40λεπτα περίπου.

Αφαιρουμε από τον φούρνο και αφήνουμε να κρυώσει πριν κόψουμε σε κομμάτια