Βάζουμε το γιαούρτι σε ένα μπολ να έρθει σε θερμοκρασία δωματίου.

Τηγανίζουμε τα κομμένα κρεμμύδια σε ελαιόλαδο, σε μέτρια φωτιά. Θέλουμε να βγάλουν όλη τους τη γλύκα χωρίς να καούν και να σκληρύνουν. Τρίβουμε πιπέρια και αλατίζουμε. Θέλουν συχνό ανακάτεμα για να ψηθούν ομοιόμορφα. Όταν τα νιώσουμε στην κουτάλα τραγανά από έξω και ζουμερά από μέσα τα κατεβάζουμε από τη φωτιά.

Βράζουμε τις πένες και τις σουρώνουμε κρατώντας λίγο νερό από το βράσιμο. Επιστρέφουμε τις πένες στην κατσαρόλα, ρίχνουμε σιγά σιγά το γιαούρτι με τα κρεμμύδια και ανακατεύουμε συνέχεια. Προσθέτουμε λίγο από το νερό που βράσαμε τις πένες για να δέσουν όμορφα με στη σάλτσα.

Σερβίρουμε με φρεσκοτριμμένα πιπέρια και παρμεζάνα.
Κρύα μπύρα συνοδεύει τέλεια το φαγητό!