Σε ένα τηγάνι ζεσταίνουμε το λάδι και σωτάρουμε το κρεμμύδι ώσπου να καραμελώσει και να αποκτήσει ανοιχτό καφετί χρώμα.

Μόλις ετοιμαστούν πασπαλίζουμε με μοσχοκάρυδο και αποσύρουμε το τηγάνι από τη φωτιά.

Σε μεγάλη κατσαρόλα με καυτό αλατισμένο νερό βράζουμε τις χυλοπίτες, σουρώνουμε και, όπως είναι ζεστές, τις ανακατεύουμε με το γιαούρτι και το τριμμένο τυρί. Αλατοπιπερώνουμε, περιχύνουμε με τα καραμελωμένα κρεμμύδια και σερβίρουμε αμέσως.