Καθαρίζουμε το κουνουπίδι και το κόβουμε σε μικρά πευκάκια αφαιρούμε το χοντρό μέρος του κοτσανιού και το πλένουμε καλά. Στη συνέχεια ραντίζουμε τα κομμάτια του κουνουπιδιού με ξύδι και τα αφήνουμε για 15 λεπτά.Έπειτα το ξεπλένουμε καλά και το βάζουμε σε μία κατσαρόλα με νερό και τα 2 φύλλα δάφνης να βράσει και να μαλακώσει ελαφρώς.Σε μία άλλη κατσαρόλα σοτάρουμε με λίγο ελαιόλαδο το κρεμμύδι που έχουμε κόψει σε ροδέλες και το μπέικον κομμένο σε κύβους,τέλος προσθέτουμε αλάτι και πιπέρι.

Σε ένα βαθύ μπολ ρίχνουμε τα αυγά τα χτυπάμε με τον αυγοδάρτη προσθέτουμε το γάλα το αλεύρι μία πρέζα μοσχοκάρυδο αλάτι πιπέρι και συνεχίζουμε καλά το ανακάτεμα μεταφέρουμε όλο αυτό το μείγμα σε μία μικρή κατσαρολίτσα και το ζεσταίνουμε ελαφρώς να δέσει.Δεν θέλουμε να βγει παχύρρευστη μπεσαμέλ αλλά αραιή ώστε να πάει παντού σε όλα τα σημεία και να καλύψει τα κενά στο ταψί.

Σε ένα πυρίμαχο ταψάκι που το έχουμε βουτυρώσει απ'όλες τις μεριές ρίχνουμε λίγη μπεσαμέλ στον πάτο του προσθέτουμε λίγο από το μείγμα τυριών και από πάνω το κουνουπίδι με το μπέικον και το κρεμμύδι.Μία στρώση με τυριά και την υπόλοιπη μπεσαμέλ. Βάζουμε το βούτυρο σε τυχαία σημεία, πασπαλίζουμε με λίγο τυρί και πιπέρι. Βάζουμε στο φούρνο στις αντιστάσεις στους 200 βαθμούς μέχρι να ροδίσει η επιφάνεια.