ส่วนที่ต้องใช้เวลาสุดในการทำกระเพาะปลาน้ำแดงคือ ต้มโครงได่เพื่อเอาน้ำสต็อก โครงไก่ล้างสะอาด ใส่ขิงแก่ 2-3 แผ่น เกลือ 1 ช้อนชา น้ำเต็มหม้อ ต้มไฟกลางจนน้ำเดือดต่อสัก 5 นาที ตักฟองขุ่นและเศษไขกระดูกที่ลอยออกให้หมดแล้วลดไฟต่ำ ตุ๋นต่ออีก 2 ชั่วโมง เก็บไว้ใช้ทำอาหารได้หลายอย่าง

รายละเอียด 1: กระเพาะปลาที่ซื้อมาจะมีความมันอยู่ ถ้าต้องการลดมัน แช่น้ำร้อนสัก 10 นาที น้ำมันจะลอยออกมา แล้วคอยนำกระเพาะปลาที่อ่อนตัวลงบ้างแล้วไปใช้

รายละเอียด 2: กระเพาะปลาถูกย้อมสีง่ายมาก ถ้าใส่กระเพาะปลาแล้วค่อยใส่ซีอิ๊วดำทีหลัง ถ้ากวนไม่ทัน กระเพาะปลาบางชิ้นจะถูกน้อมดำซึ่งแก้ไม่ได้ นอกจากนั้นยังดูดความเค็มง่าย ฉะนั้นตอนทำน้ำแดง อย่าเพิ่งใส่กระเพาะปลา ใส่ซีอิ๊วดำ (ค่อยๆหยอดจนได้โทนสีที่ต้องการ) ซีอิ๊วขาว เหล้าจีน จนทำน้ำแดงเสร็จแล้ว สีน้ำซุปสม่ำเสมอแล้ว, รายละเอียด 3: ตามด้วยใส่หน่อไม้ เพราะหน่อไม้ในน้ำเกลือตอนแรกจะเค็ม พอต้มๆ ไม่จะจืดลงเอง เมื่อสีและรสนิ่งแล้ว ค่อยใส่กระเพาะปลา และเห็ดหอม

เร่งไฟให้น้ำซุปน้ำแดงเดือดหนึ่งรอบ เพื่อให้กระเพาะปลาคลายตัว อาจมีกากขุ่นๆ ลอยออกมาบ้าง ก็ตักทิ้ง จากนั้นลดไฟอ่อน กึ่งต้มกึ่งตุ๋น ประมาณ 10 นาที ให้น้ำซุปเดือดแค่เบาๆ

น้ำเย็นผสมแป้งมันให้ทั่ว แล้วค่อยๆ หยอด แบบกระจายทั่วหม้อ กวนไปด้วย จนกว่าได้ความข้นของน้ำซุปตามต้องการ ใส่พริกไทย น้ำมันงาท้ายสุด (รายละเอียด 4: ถ้าใส่แต่แรก ต้มนาน กลิ่นหอมน้ำมันงาจะหาย และเวลาตักฟองกากใบใดๆ เท่ากับตักน้ำมันงาทิ้งไปด้วย) พร้อมเสิร์ฟละจ้า

ใส่ผักชี หรือ ถั่วงอกเด็ดหัว ตามชอบ (รายละเอียด 5: ถั่วงอกตรงหัวจะกลิ่นแรงรบกวนรสชาติอื่น และรสสัมผัสแข็ง ไม่เข้ากับเมนูที่รสสัมผัสนุ่มๆ และเน้นรสชาติน้ำซุป จึงเด็ดออก)