Βράζουμε τις πένες κανονικά, σε αλατισμένο νερό,οι δικές μας επειδή είναι πολύ σκληρές θέλουν καλό βράσιμο.
Τις σουρώνουμε, τις βάζουμε σε ένα μπολ, ρίχνουμε ελαιόλαδο, δύο αυγά και λίγο θυμάρι και ανακατεύουμε καλά με τα χέρια να πάνε τα αυγά παντού. Το αυγό θα κρατήσει ενωμένες τις πένες όταν θα κοπεί το φαγητό μας. Κλείνουμε το μπολ και το βάζουμε στην άκρη.

Βάζουμε στην κατσαρόλα το ελαιόλαδο να κάψει, ρίχνουμε το κρεμμύδι και το σκόρδο και ανακατεύουμε να ροδίσουν. Προσθέτουμε τον κιμά και τον ανακατεύουμε μέχρι να αλλάξει χρώμα. Προσθέτουμε το πιπέρι, το αλάτι, την κανέλα, τα δαφνόφυλλα και σβήνουμε με το κρασί. Προσθέτουμε το πουμαρό και ελάχιστο νερό και βράζουμε σε μέτρια φωτιά, ανακατεύοντας συχνά, για 20 λεπτά περίπου μέχρι να πιει σχεδόν όλα τα υγρά. Κατεβάζουμε απ την φωτιά, ρίχνουμε το τυρί μέσα στον κιμά και ανακατεύουμε.

Σε μια κατσαρόλα βάζουμε το γάλα να γίνει χλιαρό. Το αποσύρουμε απ την φωτιά και ρίχνουμε μέσα το κορν φλάουρ. Ανακατεύουμε καλά να διαλυθεί και ξαναβάζουμε στη φωτιά.

Προσθέτουμε το πιπέρι το αλάτι, το μοσχοκάρυδο και το βούτυρο και ανακατεύουμε συνεχώς μην κολλήσει στον πάτο. Όταν πάρει βράση θα δέσει αμέσως, έτσι αποσύρουμε απ την φωτιά. Προσθέτουμε δύο κρόκους αυγών χτυπημένους ελάχιστα και ανακατεύουμε γρήγορα,να μην καούν στο μείγμα. Ρίχνουμε και το τριμμένο τυρί στο τέλος, ανακατεύουμε και στρώνουμε μια μεμβράνη πάνω στο μείγμα για να μην κάνει πέτσα.

Στήσιμο φαγητού
Ρίχνουμε ελαιόλαδο στον πάτο του ταψιού μας (Ταψί 25Χ30 ή 25Χ35) και πασπαλίζουμε με λίγη τριμμένη φρυγανιά χ.γ. ή τριμμένα κορν φλέικς χ.γ. όπως έκανα εγώ σήμερα που δεν είχα φρυγανιά.
Ρίχνουμε τις πένες και τις στρώνουμε όσο μπορούμε με την κουτάλα.

Πάνω στις πένες ρίχνουμε τον κιμά και τον πατάμε με την κουτάλα να στρωθεί καλά.
Προσθέτουμε την μπεσαμέλ, την στρώνουμε καλά και πασπαλίζουμε με τριμμένο ρεγγάτο.

Ψήνουμε σε 200 βαθμούς αντιστάσεις, στην μεσαία σχάρα, για 40 περίπου λεπτά, μέχρι να ροδίσει η επιφάνεια του παστίτσιου.
Βγάζουμε και αφήνουμε να παγώσει λίγο, πριν κόψουμε και σερβίρουμε.