Θα πρέπει να μαρινάρουμε τον κόκορα για 24 τουλάχιστον ώρες, άν μπορούμε και περισσότερο αυτό θα βοηθήσει το κρέας του κόκορα να μαλακώσει ακόμη περισσότερο

Καθαρίζουμε τα καρότα και τα κόβουμε σε χοντρές ροδέλες.
Καθαρίζουμε και κόβουμε τα κρεμμύδια σε χοντρές φέτες.
Σε μία μεγάλη λεκάνη τοποθετούμε τα κομμάτια του κόκορα.Ρίχνουμε τα καρότα, τα κρεμμύδια, τους κόκκους πιπεριού, τις δάφνες και το φρέσκο θυμάρι.Περιχύνουμε με το κόκκινο κρασί, από το οποίο κρατάμε 1 φλυτζάνι για το μαγείρεμα.

Στο μαγείρεμα αφαιρούμε τον κόκορα από την μαρινάδα και το σκουπίζουμε με απορροφητικό χαρτί, ώστε να τον στεγνώσουμε.
Πετάμε την δάφνη, το θυμάρι και τα πιπέρια. Σουρώνουμε την μαρινάδα και κρατάμε τα λαχανικά.
Σε ένα βαθύ τηγάνι βάζουμε 2 κουταλιές ελαιόλαδο και 2 κουταλιά της σούπας βύτυρο να κάψουν.

Στο τηγάνι σωτάρουμε ελαφρά τα μανιτάρια, τα κρεμμύδια σε φέτες και τα προσθέτουμε και αυτά στην κατσαρόλα.
Βράζουμε περίπου 5 λεπτά, προσθέτουμε ψιλοκομμένο τον μαϊντανό.Διαλύουμε το αλεύρι στο κρασί, το προσθέτουμε στο φαγητό και σιγοβράζουμε άλλα 10 λεπτά, μέχρι να δέσει η σάλτσα.Αφήνουμε το φαγητό το φαγητό περίπου 15-20 λεπτά πριν σερβίρουμε.