Βάζουμε σε ένα μπολ τα κολοκυθάκια και τα πασπαλίζουμε με αλάτι και τα αφήνουμε στην άκρη.

Σε ένα τηγάνι σε μέτρια θερμοκρασία ρίχνουμε 20 ml ελαιόλαδο και σοτάρουμε το κρεμμύδι και τις πιπεριές, προσθέτοντας αλάτι. Με το που αρχίσουν και μαλακώσουν, σε ένα μπολάκι ανακατεύουμε τα υλικά για το μείγμα μπαχαρικών και τα ρίχνουμε μέσα, ανακατεύοντας διεξοδικά.

Με το που ροδίσουν και βγάλουν όλα τα αρώματα τα μπαχαρικά τα βγάζουμε από το τηγάνι και τα τοποθετούμε σε ένα μπολ, σκεπάζοντας από πάνω με ένα πιάτο για κρατήσουμε την θερμοκρασία.

Σε μέτρια θερμοκρασία ρίχνουμε τα υπόλοιπα 20 ml στο τηγάνι και τοποθετούμε μέσα τα κολοκυθάκια μαζί με το αλεύρι που το ρίχνουμε λίγο λίγο, μαζί με την τριμμένη παρμεζάνα και την φρυγανιά. Ανακατεύουμε το μείγμα και προσπαθούμε να το απλώσουμε σε ολόκληρη την επιφάνεια του τηγανιού.

Ταυτόχρονα σε ένα μπολ, σπάζουμε τα αυγά και προσθέτουμε αλάτι, πιπέρι και το γάλα και ανακατεύουμε ελαφρώς. Ρίχνουμε τα αυγά περιμετρικά από το μείγμα μας μέσα στο τηγάνι και σκεπάζουμε με ένα καπάκι για 5 λεπτά.

Ταυτόχρονα σε ένα μπολ ρίχνουμε το κεσεδάκι από το γιαούρτι, το χυμό και το ξύσμα από το λεμόνι, την μουστάρδα, το μέλι, την καπνιστή πάπρικα, το σκόρδο σε σκόνη και αλάτι πιπέρι. Ανακατεύουμε όλα τα υλικά για να ομογενοποιηθούν. Τέλος προσθέτουμε από πάνω και το θυμάρι.

Βγάζουμε το καπάκι από το τηγάνι και αναποδογυρίζουμε την ομελέτα και σβήνουμε την φωτιά. Αφήνουμε για 2 λεπτά και σερβίρουμε σε ένα πιάτο την ομελέτα, τα κρεμμύδια και τις πιπεριές και την σως γιαουρτιού.