Σε ένα  τηγάνι σε δυνατή φωτιά σοτάρουμε τα κρεμμύδια ψιλοκομμένα σε 2 κ.σ. ελαιόλαδο, 1 κ.σ. ζάχαρη και φρέσκο ψιλοκομμένο θυμάρι μέχρι να καραμελώσουν για 3-4 λεπτά. Προσθέτουμε το σκόρδο και σοτάρουμε. Στη συνέχεια, προσθέτουμε τον πελτέ και τον σοτάρουμε για τουλάχιστον 2 λεπτά. Είναι σημαντικό να σοτάρουμε τον πελτέ μας γιατί θα δώσει γεύση και σώμα στον κιμά μας. Προσθέτουμε τον κιμά και με μία  κουτάλα τον σπάμε για 4-5 λεπτά. Σοτάρουμε μέχρι να πάρει χρώμα ο κιμάς.

Αν χρειαστεί σε αυτό το σημείο προσθέτουμε 2 κ.σ. λίγο ακόμα ελαιόλαδο. Σβήνουμε με το κρασί και αφήνουμε να εξατμιστεί τελείως.Προσθέτουμε την κονκασέ ντομάτα, την κανέλα, τους κύβους βοδινού και 2 φύλλα δάφνης. Μαγειρεύουμε σε σιγανή φωτιά μέχρι να πιεί όλα τα υγρά του το φαγητό για 10-20 λεπτά.Μόλις γίνει ο κιμάς μας, αφαιρούμε τα φύλλα δάφνης από μέσα. Ζεσταίνουμε το βούτυρο σε μία κατσαρόλα σε μέτρια φωτιά και όταν λιώσει αλλά δεν έχει κάψει προσθέτουμε 100 γρ. αλεύρι και ανακατεύουμε καλά.

Στην αρχή το μείγμα είναι πάρα πολύ σφιχτό και θέλει επιμονή για να γίνει καλό αλλά καθώς ρίχνουμε όλο και πιο πολύ γάλα τόσο πιο ωραία γίνεται η μπεσαμέλ μας. Όταν η μπεσαμέλ αρχίσει να δένει, προσέχουμε ακόμα περισσότερο μην αρπάξει από κάτω και μαυρίσει οπότε ανακατεύουμε συνεχώς. Μόλις αρχίσει να βγάζει φουσκάλες, αφαιρούμε από τη φωτιά.Εκτός φωτιάς προσθέτουμε αλάτι, πιπέρι, μοσχοκάρυδο,50 γρ. τριμμένη γραβιέρα και ανακατεύουμε για να πέσει η θερμοκρασία. Τέλος, προσθέτουμε τους 3 κρόκους.

Βράζουμε τα μακαρόνια για 1-2 λεπτά λιγότερο από τις οδηγίες της συσκευασίας σε κατσαρόλα με αλατισμένο νερό. Βάζουμε το ελαιόλαδο και αφήνουμε στην άκρη. Μιας και θα ψηθεί το φαγητό στον φούρνο τα μακαρόνια θα ψηθούν και άλλο οπότε καλό είναι να μην είναι παραβρασμένα.

Σουρώνουμε, βάζουμε σε ένα ταψί το οποίο έχουμε λαδώσει και προσθέτουμε τα 2 αβγά, το θυμάρι, 1/2 ματσάκι μαϊντανό, τη φέτα σπασμένη σε κομμάτια στο χέρι μας και πιπέρι και αλάτι αν χρειάζεται. Ανακατεύουμε πολύ καλά.

Τέλος ρίχνουμε στον κιμά 1 κουτάλα μπεσαμέλ και στρωνουμε στο ταψί. Έπειτα προσθέτουμε την μπεσαμέλ και ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο στους 180 για 40 λ.