Ξεκινάμε τα κανελόνια με κοτόπουλο, ζεσταίνοντας 2 κ.σ. λάδι και ροδίζοντας τον κιμά. Προσθέτουμε το κρεμμύδι και το σκόρδο κι αφήνουμε να μαραθούν.
Σε λίγο βούτυρο σε ένα τηγάνι σοτάρουμε τα ψιλοκομμένα μανιτάρια, αρωματίζουμε με λίγο θυμάρι ή μοσχοκάρυδο. Τα προσθέτουμε στον κιμά. Αλατοπιπερώνουμε. Προσθετουμε τα καρύδια και το ψιλοκομμένο σπανάκι. Ανακατεύουμε. Αφήνουμε λίγο την γέμιση να κρυώσει και προσθέτουμε το τυρί κρέμα και 1 φλ. παρμεζάνα.Γεμίζουμε τα κανελόνια με κορνέ ή με το χέρι.

Για την σάλτσα
Λιώνουμε το βούτυρο σε κατσαρόλα και ψήνουμε το αλεύρι ανακατεύοντας για 2′-3′. Προσθετουμε λίγο λίγο το γάλα ανακατεύοντας. Όταν γίνει λεία η κρέμα ρίχνουμε την κρέμα γάλακτος, το μοσχοκάρυδο και αφού πήξει ελαφρά προσθέτουμε το κεφαλοτύρι. Αλατοπιπερώνουμε.
Βουτυρώνουμε πυρίμαχο σκεύος. Κάνουμε μια στρώση την ντομάτα σε φέτες. Ρίχνουμε μια κουτάλια μπεσαμέλ. Κάνουμε στρώση τα κανελόνια το ένα πλάι στο άλλο και περιχύνουμε με την υπόλοιπη κρέμα.

Τέλος πασπαλίζουμε με την υπόλοιπη παρμεζάνα.
Σκεπάζουμε με αλουμινόχαρτο και ψήνουμε σε προθερμασμένο φούρνο 200 ºC για 20′, αφαιρούμε το αλουμινόχαρτο και συνεχίζουμε το ψήσιμο για 20′ επιπλέον.